勘误表

报告勘误表:CP Martinez-Jimenez,N。Eling,H.-C。撰写的“衰老增加了免疫刺激后的细胞间转录变异性”。 Chen,CA Vallejos,AA Kolodziejczyk,F。Connor,L。Stojic,TF Rayner,MJT Stubbington,SA Teichmann,M。de la Roche,JC Marioni,DT Odom

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科学 2019年12月20日:
卷 366,发行号6472,eaba3487
DOI:10.1126 / science.aba3487

当编写一个描述报告“老化增加免疫刺激后细胞间转录变异性”的统计分析的小插图以纳入与BASiCS软件相关的Bioconductor工作流程时,作者指出,存在于细胞中的刺入分子数量细胞裂解量的计算不正确,因此所有分子数均按相同的常数因子任意缩放。 这些值是BASiCS中实现的计算分析所需的输入。 这改变了其中测量基因表达的任意单位的规模,但是不改变条件之间的相对差异。

此外,作者指出,使用数量不正确的刺入分子会导致表达较低的基因的MCMC采样器收敛性稍差,这意味着他们对此类基因的均值和分散度的估计不太稳定。 但是,在本文中,由于它们使用表达阈值将基因包括在下游分析中,因此通常排除了此类基因。 此外,以正确的尖峰计数重新运行MCMC采样器会导致差异表达基因集的微小变化。 重要的是,原始和修订后的分析之间的相对倍数变化被高度保留。 有关更多讨论,请参见http://github.com/MarioniLab/ImmuneAging2017/tree/master/Correction

在本勘误中,作者更新了所有图形以反映更新的分析-主要变化是绘制表达水平时轴上的比例。 此外,由于现在可以测量内源基因表达水平的规模,他们将包含差异检测基因的阈值从50降低到了1。最后,他们将文本更新如下:差异表达基因的百分比B6和CAST之间的比率从15%更改为7%; B6中幼稚和活化CD4 + T细胞之间差异表达基因的数量已从2063变为1314; 激活后,B6和CAST之间共享的上调基因数量从225个变为138个; 物种特异性B6基因的数量从96个减少到38个; CAST基因的数量从75个减少到59个。作者相应地更新了补充材料。

这些更改不会影响原始分析中得出的任何结论,所有结果均已复制。 作者对由此引起的任何困惑表示歉意,并提供了重新分析的完整说明以及GitHub( http://github.com/MarioniLab/ImmuneAging2017/tree/master/Correction )上文本的确切更改列表,并作为Zenodo实例。 (10.5281 / zenodo.3522970)。

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